Cette recherche reçoit globalement une dotation budgétaire du même niveau que celle des principaux pays développés. Elle représente en effet 0,78 % du Produit intérieur brut, contre 0,74 % au Japon, 0,76 % aux Etats-Unis et 0,79 % en Allemagne. Mais les académiciens critiquent une bureaucratie tatillonne qui impose de remplir toujours plus de formulaires et de dossiers. Il a donc été nécessaire d’embaucher des fonctionnaires pour traiter ces dossiers et la masse salariale a ainsi dérapé, passant en un demi-siècle de 47 à 84 % de la dotation budgétaire.
Cette création d’emplois a surtout favorisé les postes administratifs, au détriment des techniciens et chercheurs. En un demi-siècle, le nombre d’agents administratifs du CNRS (principale institution publique vouée à la recherche) a été multiplié par 8,5 alors que celui des chercheurs était multiplié par 4. La tendance est la même dans les autres organismes de recherche. Finalement, le budget disponible pour les équipes de recherche est dérisoire et leurs principales sources de financement sont les appels à projets émanant de la Commission européenne, l’Agence nationale de la recherche, des firmes industrielles, etc. Leurs directeurs passent donc « le plus clair de leur temps à rechercher des crédits au lieu de faire leur travail … de chercheur ».
Le rapport propose de simplifier les procédures, ce qui permettra de réduire progressivement le poids de la masse salariale administrative et donc de redéployer des moyens financiers vers les équipes de recherche. Les académiciens recommandent la suppression de l’Aeres (Agence d’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur) et le remplacement des trois conseils existants (Haut Conseil, CSRT et Cneser) par un seul. Enfin, ils suggèrent « d’améliorer l’attractivité des métiers de la recherche », notamment par une « revalorisation des rémunérations des jeunes chercheurs ».